Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA merupakan teknik untuk mengeluarkan DNA dari sumber asal, inti sel atau organel sel (DNA kloroplas, DNA mitokondria). DNA dapat diekstraksi dari sampel jaringan yang masih segar, beku, dikeringkan atau disimpan dalam alkohol atau buffer. Untuk mengurangi dampak studi populasi telah dikembangkan prosedur ekstraksi DNA yang noninvasif, seperti dengan memanfaatkan rambut, tinja dan lainnya. Prosedur ekstraksi mulai dengan penumbukan mekanik untuk memisahkan sel dan menghancurkan membran sel dan atau dinding sel, sedangkan untuk inti penuh (budidaya dan jaringan sel seperti darah tidak membutuhkan tumbukan mekanik). Jaringan lalu dimasukan di dalam larutan yang mengandung detergen yang melilis membrane inti, juga proteinase yang mendenaturasi protein lain, terutama nukelase, tetapi meninggalkan asam nukleat utuh. Protein dipisahkan dari asam nukleat melalui ekstraksi dengan senyawa organic (biasanya fenol dan kloroform), dan DNA dimurnikan dari reagen dalam buffer ekstraksi melalui presipitasi alcohol atau dialysis.

Pemisahan mtDNA dan cpDNA dari DNA genom sangat ekstensif prosedurnya, melibatkan lapisan larutan jaringan pengurai pada gradient sesium klorida adalah subjek pada sentrifugasi kecepatan tinggi. Pemisahan DNA organel dan inti tidak membutuhkan untuk banyak prosedur yang mendeteksi marker apakah inti atau organel melalui aplikasi pelacak tepat atau primer untuk genom total DNA. Protokol ekstraksi rinci telah dikembangkan untuk banyak jaringan dan jenis DNA spesies berbeda. Pencarian cepat melalui literature seharunya mengungkap protocol tepat untuk organisme khusus. Kebanyakan prosedur ekstraksi dilengkapi dalam volume kecil tabung mikrofuge (1.5 mL), mengfasilitasi penelitian biologi populasi yang membutuhkan sampel dari jumlah besar individu.

Collaborators

  • Smithsonian
  • UNIPA
  • UB
  • IBRC

Fundings:

  • USAID